까미 계산기 다운로드

유전자 또는 유전자 의 그룹에 대한 CAI를 계산하는 프로그램 및 서버의 수는 코돈W, EMBOSS [15], CAIJava [3], CAI 분석기 [8]뿐만 아니라 JCAT [16] 및 CAI 계산기 [5]와 같은 다른 곳에서 사용할 수 있습니다. 이러한 모든 도구는 귀중한 리소스를 나타냅니다. CAIcal은 인간 파필로마바이러스 1(HPV1)의 E4 유전자에서 게놈 불연속성을 부각시키기 위해 사용되었다. 유두종 바이러스 (PV)는 자궁 경부암을 포함하여 다양한 질병을 일으키는 작은 dsDNA 바이러스의 가족입니다. PV의 게놈은 각각 다른 진화 속도 [19,20]를 가진 3개의 다른 지구를 가진 모듈식입니다. 이들 영역은 상류 조절 영역, 바이러스 전사, 복제, 세포 증식 및 바이러스 수명 주기의 다른 단계에 관여하는 단백질(예: E1, E2, E4, E5, E6 및 E7)을 코딩하는 초기 영역, 및 이를 포함하는 구조적 영역입니다. 캡시드 단백질 L1 및 L2에 대한 코드 두 가지 유전자. 인간 PV에서 인코딩된 유전자의 일반적인 특징은 인간 유전자에서 바람직한 코돈 사용에 비해 그들의 특이한 코돈 사용 선호도이다[21,22], 그들의 호스트의 게놈에 이 가난한 적응을 위한 정확한 이유는 아직도 불명하더라도. 다른 바이러스 게놈처럼, PV 유전자의 일부는 부분적으로 또는 완전히 겹칩니다. 이것은 다른 판독 프레임에서 E2 유전자 내에 완전히 중첩되는 E4 유전자의 경우 [23]. E4의 기능은 완전히 이해되지 않으며 그 어노젠은 매우 엄격하지 않다 [14].

성숙한 E4 단백질은 접합 후 나타나며, 공여자 사이트는 E1 유전자의 시작 코돈으로부터 일부 코돈 다운스트림에 위치하고, 수용자 부위는 E2 유전자의 중간에 가깝게 위치한다[24,25]. E4의 대부분이 E2와 겹치고, 성숙한 E1^E4 단백질에는 E1의 아미노산이 몇 가지 포함되어 있고 접합 부위가 엄격하게 보존되지 않는다는 사실은 실리코의 진정한 E4 서열을 결정하기 어렵게 만듭니다. 따라서 데이터베이스에서 사용할 수 있는 E4 PV 유전자는 길이와 유사성이 매우 다릅니다. 많은 PV의 게놈이 서열화되었더라도, 그들의 유전자 또는 cDNA 서열의 발현에 관하여 정보는 그(것)들의 몇몇을 위해만 유효합니다. 이들 중 하나는 HPV1입니다. 이 경우, HPV1 E4 유전자의 어노미는 mRNA 데이터에 의해 확인된다[26]. 그러나, HPV63에서 E4 유전자는, HPV1 [19,20,27]과 계통유전학적으로 관련되는 PV는, HPV1로부터의 E4 유전자보다 더 길다. 차이점은 두 서열 간의 차이는 HPV63 E4의 5` 말단에 위치한 96개의 뉴클레오티드이다. 우리는 HPV63 E4의 시작 부분에 있는 이 96개의 뉴클레오티드의 코돈 사용이 인간 코돈 사용으로 계산된 CAI 값으로 측정된 E4 서열의 나머지 부분과 매우 다르다는 것을 보여주기 위해 CAIcal 서버를 사용할 수 있습니다(도 2).2). 이것은 HPV63 E4의 수용자 스플라이스 사이트가 잘 비고되지 않으며 E2 내에 중첩 된 진정한 E4가 아마 비고인 위치에서 다운스트림에서 시작된다는 것을 시사합니다. 전체 게놈 규모에서 수백 또는 수천 개의 시퀀스에 대한 CAI 값을 계산하고 eCAI를 생성하기 위해 사용자는 이러한 계산을 자동으로 수행하는 실행 프로그램을 다운로드할 수 있습니다.

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